Церковь заложена на средства прихожан по проекту тобольского архитектора П.И. Прамана в 1833 году вместо каменного храма, строившегося в 1811 году и приостановленного из-за повреждений в стенах.
В церкви было два престола: для зимнего богослужения в трапезной с придельным алтарём во имя Покрова Богородицы, который освятили уже в 1836 году, и главный в честь Пророка Ильи – в летнем храме, завершенном в 1851 году. Стиль здания был выдержан в строгих формах классицизма.
В 1884-1886 годах на средства коммерции советника И.И. Игнатова и прихожан, был сооружен северный придел Покрова Богородицы. При этом алтарь в трапезной упразднили, а саму трапезную объединили с главным храмом вновь пробитой аркой.
С устройством в подвале колорифера церковь стала хорошо обогреваться и превратилась в тёплую.
В 1894-1897 годах храм подвергся капитальной реконструкции в связи с повреждениями, образовавшимися в конструкциях стен и сводов. Проект перестройки церкви с привнесением в её художественный облик новых стилевых черт был выполнен в 1893 году в ведомстве тобольского епархиального архитектора Б.Б. Цинке при участии А. Васильева и М. Иноземцева. Тогда были изменены колокольня и покрытие храма. Некоторым переделкам подвергся и интерьер.
Обновлённый храм в 1895 году был освящён епископом Агафангелом и вместо Покровского переименован в Пророко-Ильинский согласно первоначальному названию.
Каменная ограда при Ильинско-Покровской приходской церкви существовала уже с 1893 года. 25 января 1893 года в приходе открывается церковно-приходская школа. Обучение происходило в просторном двухэтажном здании. Школа существовала до 1918 года и была закрыта в первые годы Советской власти.
С июня по сентябрь 1925 года верующими производится капитальный ремонт храма.
Согласно постановлению от 26 января 1930 года Ильинская (Покровская) церковь закрывается. Разбираются верхние ярусы колокольни, снимаются с куполов кресты, а потом колокола.
В 1935 году Городское коммунальное хозяйство передает храм под ломбард. С 1942 года у церкви появляется новый хозяин – Тюменский ликеро-водочный завод, который просуществовал до 2002 года.
13 марта 2002 года Священный Синод удовлетворил прошение архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия (Капалина) об открытии Ильинского женского монастыря в Тюмени
С 2003 года церковь передана для размещения женского монастыря. Юридически Епархиальный Ильинский женский монастырь был зарегистрирован 20 января 2003 года. Летом 2013 года провели ремонт храма «Богородично-Рождественского придела».
Первое богослужение состоялось на праздник Рождества Пресвятой Богородицы – 20-21 сентября 2003 года.
4 мая 2017 года переименован из Ильинского в Богородице-Рождественский монастырь.